公司申请破产补偿员工的方式如下：
(资料图)
公司破产了，员工工资在破产清算资产处置收入中优先清偿。
根据《中华人民共和国企业破产法》相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金;
(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款;
(三)普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
劳动部《工资支付暂行规定》第十四条规定用人单位依法破产时，劳动者有权获得其工资。在破产清偿中用人单位应按《中华人民共和国企业破产法》规定的清偿顺序，首先支付本单位劳动者的工资。
二、企业破产走程序的流程如下：
1.成立清算组
法院要在宣告企业破产之日起十五日内成立清算组，接管破产企业，清算组应当由股东、有关机关及专业人士组成。
2.清算组接管破产公司
人民法院宣告企业破产后，破产企业由清算组接管，负责对破产企业的财产进行管理、清理、估价、处理、分配，代表破产企业参与民事活动，其行为对人民法院负责并汇报工作。
3.破产财产分配
分配破产财产，由清算组提出分配方案，在债权人会上讨论通过，报人民法院批准后由清算组具体执行。
4.清算终结
破产财产清算分配完毕，由清算组向人民法院汇报清算分配工作的情况，并申请人民法院裁定破产终结，未得到清偿的债权，不再进行清偿;
5.注销登记
企业破产，破产财产分配完毕，企业法人依法终止其民事行为能力，清算组向破产公司的原登记机关申请注销原公司登记。
三、1.破产案件的诉讼费用
破产费用所包括的案件诉讼费用必须是为破产债权人共同利益而支付的费用，找法网提醒您，不包括在破产程序进行中个别债权人因其他争议而发生诉讼的费用。
2.管理、变价和分配债务人财产的费用
3.管理人执行费用报酬聘用工作人员费用
管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用，指在破产案件进行过程中，管理人为了执行职务和聘用工作人员所产生的一切费用和报酬的总称。